2020年12月31日《澳門特別行政區公報》第52期第一組副刊刊登了澳門基金會2021財政年度本身預算，最初收益預算總額為2,240,941,400澳門元，費用預算總額為2,672,408,400澳門元。

為配合特區政府推出的抗疫援助措施，以及因應新型冠狀病毒肺炎疫情而引致對已通過的2021年度財政預算的收入及開支的影響，特區政府於2021年度透過第3/2021號法律及第18/2021號法律進行2次修改《2021年財政年度預算案》；另外，為配合基金會的運作需要，基金會於2021年另外進行了2次預算修改：

• 第1次預算修改金額為80,000,000澳門元；
• 第2次預算修改金額為2,608,900澳門元；

先後公佈於2021年9月1日第35期及12月22日第51期《澳門特別行政區公報》第二組。

澳門基金會2021財政年度本身預算，最終收益預算總額為1,712,941,400澳門元，最終費用預算總額為2,731,359,700澳門元。

在2021年度，澳門基金會錄得總收入約18.84億澳門元，預算執行率為110%。

根據信託委員會的相關決議，對於澳門特別行政區娛樂場幸運博彩或其他方式的博彩的經營批給合同規定所獲得的撥款，在2021度已將其中的75%作為基金會的年度預算收入，即約10.42億澳門元；其餘的25%撥入累積資金，即約3.47億澳門元。

除博彩撥款外，基金會在2021年度錄得財務收益及退還資助款項等收入約8.42億澳門元。

在2021年度，澳門基金會的總支出約19.76億澳門元，預算執行率為72.79%，其中本身活動支出約0.28億澳門元、財務資助（包括資助、捐贈、獎學金發放等）約12.82億澳門元、援助抗疫基金約4.88億澳門元。

綜合收支情況，澳門基金會在2021年度錄得營運虧損約1.04億澳門元。