2019年12月31日《澳門特別行政區公報》第52期第一組副刊刊登了澳門基金會2020財政年度本身預算，最初收益預算總額為3,867,740,900澳門元，費用預算總額為3,016,734,300澳門元。

為配合特區政府的施政方針，以及因應新型冠狀病毒肺炎疫情而引致對已通過的2020年度財政預算的收入及開支的影響，特區政府於2020年度透過第3/2020號法律、第6/2020號法律及第23/2020號法律進行3次修改《2020年財政年度預算案》；另外，為配合基金會的運作需要，本會於2020年財政年度另外進行了3次預算修改：

• 第1次預算修改金額為8,196,000澳門元；
• 第2次預算修改金額為580,000,000澳門元；
• 第3次預算修改金額為60,321,200澳門元；

先後公佈於2020年5月27日第22期、9月2日第36期及11月11日第46期《澳門特別行政區公報》第二組。

澳門基金會2020財政年度本身預算，最終收益預算總額為1,648,940,900澳門元，最終費用預算總額為12,045,977,100澳門元。

在2020年度，澳門基金會錄得總收入約16.58億澳門元，預算執行率為100.48%。

根據信託委員會的相關決議，對於澳門特別行政區娛樂場幸運博彩或其他方式的博彩的經營批給合同規定的撥款，在2020年度已將其中的75%作為基金會的年度預算收入，即約7.3億澳門元；其餘的25%撥入累積資金，即約2.43億澳門元。

除博彩撥款外，基金會在2020年度錄得財務收益及退還資助款項等收入約9.28億澳門元。

在2020年度，澳門基金會的總支出約79.27億澳門元，預算執行率為66.29%，其中本身活動支出約0.27億澳門元、財務資助（包括資助、捐贈、獎學金發放等）約12.24億澳門元、援助抗疫基金約64.59億澳門元。

綜合收支情況，澳門基金會在2020年度錄得營運虧損約63.28億澳門元。